東南大學是我國國際交流與合作最為活躍的高校之一。截至2024年末，學校已基本建成世界一流（高水平）大學國際合作網絡，共與來自20個國家或地區的近60所世界一流大學和高水平研究機構建立了緊密的合作關系，包括美國麻省理工學院、加州大學伯克利分校、賓夕法尼亞大學，加拿大不列顛哥倫比亞大學，英國劍橋大學、UCL、愛丁堡大學、伯明翰大學，瑞士蘇黎世理工，瑞典皇家理工學院，法國巴黎高科，新加坡國立大學、南洋理工大學，澳大利亞蒙納士大學，日本大阪大學、東京工業大學，香港大學、香港科技大學等。2017年，東南大學發起成立了“中英大學工程教育與研究聯盟”，是中國與英國合作建立的首個以工程教育與研究為特色的大學聯盟。2021年，東南大學與英國伯明翰大學聯合發起成立“碳中和世界大學聯盟”，成為全球首個聚焦碳中和領域技術發展和人才培養的世界大學聯盟。學校還與澳大利亞蒙納士大學合作建立了東南大學—蒙納士大學蘇州聯合研究生院，是教育部批準的首個中外聯合研究生院；與法國雷恩一大合作建立了東南大學—雷恩一大研究生學院。東南大學正以“全球高端、實質合作、引領發展”為方向，加快形成全方位、有重點、多層次、寬領域、高水平的國際交流合作格局。
